hello
meme si je ne suis pas un pro windows pour un serveur web, disons que windows ou linux ne changeront pas grand chose a la donne puisque tu vas configurer apache de la meme facon d'un cote comme de l'autre. je te conseille d'installer apache et d'aller dans les fichiers de conf, il n'y a que cette methode pour apprendre. tu verras, tout est organise par section et c'est documente

une fois que tu auras fait cette partie, tout deviendra plus clair.
cela dit, pour une application comme la tienne, je dirais qu'un serveur dedie est assez inutile, un hébergement mutualise ferait nettement mieux l'affaire. le probleme dans ton cas c'est que niveau securite, il va falloir certes voir du cote d'apache, mais surtout du cote du systeme.
sur dveloppez.com il y a un tres b on tuto pour une install vierge depuis debian avec tout ce qu'il faut pour le web, jettes y un oeil si tu as 5 minutes, tu trouveras pas mal d'infos sur la secu dedans.