Aïe, perso, j'ai souvent fait du double (au moins) boot avec différentes versions de Windows, les problèmes sont aussi nombreux que les cas : ajout/suppression de disques durs/partitions, crashs, etc... Quand les problèmes arrivent, ils sont parfois très nombreux : plus aucun système ne démarre, tous les systèmes après le disque manquant ou ajoutés sont en rade car le changement de lettre dynamique vient mettre le souk. On est loin d'un /etc/fstab qui contient quoi monter et où
Dans ton cas précis, tu peux garder ta partition C: pour tes data et D: pour ton système, malheureusement certains programmes cherchent en dur les répertoires système (documents and settings, windows, program files, ...) sur C: et avec ces noms là, du coup, si le système est sur D:, certains programmes ne fonctionneront pas. De plus, quand tu effaceras le disque C:, il faudra bien faire attention a garder les fichiers système de Vista et supprimer ceux de XP.
Mon conseil : avoir 2 disques durs physiques et brancher uniquement celui qui t'intéresse, c'est un peu lourd, mais c'est temporaire, éventuellement un 3ieme disque contient les données à partager entre les systèmes.
Certains boot loader (grub ?) permettent de faire croire au système que le disque 1 est le disque 2 et inversement, mais je ne sais pas comment ca va cohabiter avec celui de vista.
Je te conseille aussi de garder Vista sur le disque où il a été installé et ne pas le dupliquer sur l'autre disque quand tu feras le passage car je crois qu'ensuite Vista croit que tu as fait une nouvelle installation et te redemandera de l'activer, ce qui peut finir par te faire blacklister ta clé auprès de notre bien-aimé Microsoft