Ouille ... Moi je l'ai au boulot, donc je pourrais pas trop de renseigner ce soir.
En effet dans ton home tu as un rep .wine qui contient entre autre un fichier config qui contient des infos sur les repertoires de ton linux que tu veux faire apparaitre comme lecteur windows ainsi que pas mal d'autres parametres pour windows lui meme (dlls, config video, etc...).
Il faut que tu l'edites pour au moins modifier les lecteurs windows (C:, D:, etc ... mais aussi le lecteur disquette, le cdrom), a priori c'est pas bien complique.
Apres les autres parametres comme les dlls, etc ... c'est "secondaire" tout depend de ce que tu veux utiliser comme appli avec wine.
En fait wine permet d'"emuler" pas mal de dlls de windows nativement, mais tu peux aussi utiliser celles de windows si tu as aussi un windows installe sur la machine ou encore en rajouter certaines parce que c'est necessaire pour faire tourner telle ou telle appli.
En ce qui concerne les applis, tu trouveras a
http://appdb.winehq.com/ une liste + ou - exhaustive de celles qui ont pu etre testees depuis pas mal de temps avec en parallele les avis/conseils des gens pour les faire tourner.
Pour ce qui est de l'aide en francais euh .. tu en trouveras surement un peu sur
http://www.lea-linux.org .